Для стяжки (пескобетон, полусухая) были сделаны маяки (оцинкованные, 6 мм), сразу не убраны, т.е. стяжка успела затвердеть. Потом маяки убрали. Остались следы от них (по форме маяка), т.е. не более 6 мм.
Если на стяжку предполагается положить плитку, как лучше поступить - поверх стяжки наливной пол и далее через какое-то время (кстати, какой минимум времени в этом случае лучше выждать?) положить плитку или можно сразу плитку, замазывая основательно эти следы (пустоты) плиточным клеем.