Постановление прав.Москвы № 831-пп от 25.9.2007г. п.5.2. Регламента - о том, что работы выполняются или подрядчиком или самим заявителем, на которого возлагаются обязанности подрядчика. Правда в этом же постановлении сказано, что акты на скрытые подписываются и управляющей компанией тоже. Исходя из этого, акт можете подписать вы и ваша ук (возможно, она находится в вашем ТСЖ?)
Что касается справки, какой у вас округ? По-моему, везде, кроме зао, справки проходят. Если они упираются, то их законное основание в том, что по жилищному кодексу через местные органы можно согласовывать только готовящиеся перепланировки, остальное - через суд. Соответственно, в Москве даже уже сделанные перепланировки оформляются по бумагам как готовящиеся. В этом случае вас вынуждают фактически задним числом искать либо липового подрядчика, который оформит договор, либо проектировщика, который сделает проект и оформит авторский надзор. Если вы заявляли перепланировку как сделанную и указывали в заявлении год (например, 2001), согласовывая по уже имеющимся красным линиям, то стоит все-таки поупираться. Сходите на прием к заму или начальнику, объясните ситуацию.