Если коротко, когда гараж в Вашей собственности, то Вы всему и хозяин, а если в собственности кооператива, то за Вами числится только пай.
Ежели пространней, то когда у Вас гараж приватизирован, все налоги платите сами, все проблемы с властями тоже решаете сами. Земля, как и постройки, принадлежит Вам, при этом можете продать гараж в любой момент и за любую сумму.
А вот про владение гаражем в кооперативе, смогу рассказать только на собственном примере. В нашем гараже земля находится в общей собственности, Вы не имеете право ее приватизировать, это прописано в Уставе. Все строения на территории ГСК тоже принадлежат кооперативу. Продать Вы можете пай, на каких условиях, должно быть прописано в Уставе. Все налоги, все расчеты, вся документация, все споры, как с властями так и внутри кооператива, все эти функции возложены на правление.
Не знаю насколько одна форма владения гаражем предпочтительнее чем другая, но на собственном опыте скажу, властям тяжелее отобрать землю у большого количества людей, чем у одного.