Забавно, у меня обратная проблема - все материнки под SATA, а лишние винты - IDE. :)
Через переходник не пробовала, могу сказать, что на моей материнке MSI PCI-IDE контроллер Promise не ужился (причем на других платах работал нормально), так что тут вопрос везения.
По теме - да, постоянный запуск чекдиска может сигнализировать о возможной гибели жесткого диска...
Плюс еще (цитирую):
Неудачная инсталляция какой-либо программы и последующий запуск CHKDSK во время загрузки операционной системы может свидетельствовать о неисправности оперативной памяти или её разъёма.