Шпаклёвка-то что под лаком, что под пропиткой-морилкой выделяться будет на фоне дерева - текстуры-то дерева у нее нет, да еще и впитываемость другая. Так что если пол сильно испачкан шпаклёвкой, или ширина щелей значительна - под прозрачной отделкой смотреться все это будет весьма неприглядно.
Если хочется быстро и с минимумом проблем - проще всего пол застелить линолеумом.