Сварик красавчик, выделил болдом всё что угодно, кроме формулировки проблемы: "При росте числа файлов в корневой папке"
Много файлов в корневой папке вызывают фрагментацию конкретной таблицы.
Ни о каком распухании реестра или фрагментации диска речи не идёт.