Однозначный минус - это только глубина скважины. Насчет затрат на отопление, то при наличии нормальной ветрозащиты (а она должна быть, даже если дом в низине будете строить) ничего не изменится. С почвой тоже надо все правильно делать, и никаких дополнительных трат это не потребует.
Ну а плюсов будет значительно больше (поверьте на слово).