Куда уж бюджетней.... 300 рублей на рейку, 100 руб на саморезы. Лист профнастила (сороковка) у нас стоит 1000 руб с размерами 1200*6000. Вторая крыша будет всего на 50 мм выше основной. Незаметно.
Любая мастика у Вас только до осени проживёт.
Я когда свой гараж (металлический) под жилой делал столкнулся с тем же самым. Домик сделал летом, потолок гипсачём закрыт, доступа к крыше изнутри нет. Наступила осень, влага попадала под стыки листов и ночью становилась льдом, который поднимал листы.
Если совсем бюджетно, то делайте как наши деды :) любая маслянная краска и ткань.
Нашли место протечки, жирно намазали краской, накрыли тряпкой и сверху опять жирненько краской. В деревнях только так шифер и ремонтируют. Обычно коричневую половую краску используют.