Это не деформационные, а шумоизоляционные швы, чтобы не передавался звук между стяжкой и стенами.
Если нужно обязательно герметизировать, то только каким- нибудь нежёстким, вязким материалом.
Это значит, герметиком. Да, это дорого.
Поэтому может быть, принять то, что сделано, и не трогать?