повлияет ли вообще это как-то в будущем на работу стиральной машинки?
На работу не повлияет, а если будет ржаветь или разрушаться барабан, то только замена барабана, но в этом случае возможно дешевле будет новую купить, так что продолжайте стирать пока качество стирки вас устраивает.
Можно попробовать ещё раз антинакипином промыть. Может смоет то что посталось после первого применения.