Вообще, был у меня такой случай на даче: так уж случилось, что в строящемся брусовом доме не успели настелить крышу и его насквозь промочил жутчайший ливень.
После этого, естесственно, все резко начало гнить. На столько резко, что в один прекрасный день в комнате из щели между брусьями в патоке выросли настоящие опята! :)
Ну и, естесственно, дерево бодренько почернело.
Лечили следующим образом: плесень вытравливали антисептиком, так же обильно проливая им простенки, а, вот, черноту вообще удаляли, прокрывая в несколько слоев почерневшие места средством "Белизна" (что-то ядерное на хлорке).
Уж не знаю, на сколько это пошло во вред деревяшкам, но чернота снялась процентов на 80. Оттенок в местах отбеливания, конечно, у дерева получился немного другим, но, в целом, стало терпимо.
Было это лет семь-восемь назад. По сей день стены стоят в таком же виде, как и после обработки.
Если наждачкой драить, то сначала лучше по крупнее взять зерно. Потом, более мелкой подравнять...