Для организации приточно-вытяжной вентиляции достаточно оставить 2 отверстия в торцевых стенках. Возле ворот внизу квадратное отверстие со стороной примерно 200...250мм. Если не ждете грызунов, то сделать жалюзи, если есть таковые, то решетка неож или латунь. Второе отверстие с теми же размерами в противоположной стене, но вверху. Этого возможно не будет хватать для вентиляции в осенне-весенний период, там посмотрите "по-месту". Если решились устроить под гаражом подвал, то надо понимать, что перекрытие будет достаточно дорогостоящее (относительно), поскольку надо учитывать вес автомобиля и пр.