Выбрать в лаге лишнюю толщину в месте её соприкосновения с опорой.
Выбрать в опоре лишнюю толщину в месте укладки лаги.
Поделить лишнее расстояние на две половины и выбрать понемногу и в лаге, и в опоре.
Заменить лагу или опору на более тонкую, подходящую по толщине, для хорошего монтажа конструкции. Если полы при этом становятся более хлипкими, то лучше не выполнять пункт 4, заменив его на любой из первых трёх.
Я бы в опоре выбрал лишнее.
Тем более осталось только одно место. Не понятно, что за балки, но сверху не должно быть толстой арматуры. Скорее всего 2-3см нет и тонкой. Бетон, конечно, не дерево, ровно не острогаешь... Но делать лагу тоньше 2см я бы не стал.
Нельзя разрушать железобетонное ребро перекрытия, ведь, оно является несущим элементом, ослаблять который нельзя. С другой стороны, как-то странно, что все лаги ложатся на основание нормально, а одна нет. Я бы не срезал лагу, а наоборот, другие немного приподнял. подложив под них небольшие брусочки. Высота комнаты из-за этого, уменьшилась бы незначительно. Конечно, работы при таком способе выравнивания пола будет больше.
Я решил, что это первый этаж, бетонные балки (или как их назвать?) в земле. На первом фото видно, что часть балок уже разбита, чтобы лаги легли ниже. Если они несущие - тогда это плохие строители.