Как аккуратно подрезать досочку ,чтобы поставить подоконник?

Признаться, не вижу проблем с этой доской. Тем более, что если она старая (не путать с гнилой, такую выбрасываем). Ну, разве что высота подставочного профиля порядка 30 мм, поэтому с нижней стороны подоконник отфрезеровать (можно и пилой выбрать четверть) до толщины не более 30 мм. И всех делов-то... Более того, эта доска послужит отличной опорой для задней части подоконника.

Удалил бы доску и залил все хорошей пеной без всяких клиньев. Делов то - на полчаса. Пенный шов заклеил бы гидроизоляционной лентой. Доске там не место. Снимать фаску с подоконника, это значит ослабить его.