Магии в унитазе быть не может, значит либо где-то остаётся не слитая вода, либо это течёт новая заливаемая.
Наберите бачок, перекройте воду (чтобы новая вода в него уже не попадала).
Слейте. Что происходит? Течёт струйка или нет?
Если течёт - значит, где-то полстакана воды не успевает слиться и потихоньку потом сливается, ищите где. (Наподобие как в душевом шланге остаётся вода, бывает, и потом капает по капле из излива смесителя.)
Если же не течёт - значит, клапан у вас неплотно встаёт на место после слива. Новая вода набирается, и когда наберётся достаточное количество - клапан меняет положение. Проверьте, что можно сделать - может, что-то где-то задевает и не даёт ему встать сразу правильно, может он не вертикально установлен, да смысла нет гадать надо на месте смотреть.