Честно говоря, описание такое, что нет уверенности в том, что все понял правильно...
На мой взгляд, точность в 1мм абсолютно достаточная.
Назовем деталь 3 (которая ставится вертикально) цоколем
Если вести сборку без учета этого цоколя, то собранная конструкция в средней своей части будет бочкообразной.
"Бочкообразность" на каждую сторону составит 1мм.
Стенки из ДСП легко позволят себе выгнуться на этот миллиметр и визуально это видно совершенно не будет.
Мне кажется, что не стоит подпиливать эти три полки.
Единственное, что надо подпилить - это цоколь. На нем эти два миллиметра надо убрать.
Естественно, одной из кромок цоколь лишится. Но она, по большому счету, там и не нужна.
Цоколь обычно немножко утапливается внутрь всей конструкции, поскольку на него еще опирается и нижняя полка. Отрезанный торец будет прижат к боковине и на некоторой глубине. Никто и никогда не увидит, что там нет кромки.
Бочкообразность конструкции может помешать лишь в одном случае - если вы планируете навесить дверки. Но даже и в этом случае неравномерность в 1 миллиметр будет практически не видна глазу.