Насчет пересечения кухонь,ванн и жилых комнат проблем что-то не вижу. По крайней мере у меня с этим проблем не было.У меня под кухней и санузлом внизу у соседа жилая комната + небольшой санузел.Естественно на этапе строительства дома со строителями решаете какая планировка.У строителей как правило и свое прикормленное проектное бюро,которое за какие то деньги нарисует перепланироку и подготовит Документацию для строителей и утвердит где надо. У нас в кирпичном доме в подъезде по нашему "крылу" нет ни одной одинаковой квартиры.5 этажей.Хотя продавались естественно все со стандартной планировкой.Люди платили деньги за площадь(например брали по 2 квартиры),потом рисовали что хотят,строители им делали стены.Все.По окончании строительства и ввода в эксплуатацию оформляется в БТИ и право собственности. ну правда это было 5 лет назад и не в столице нашей родины:-)