К сожалению, это неприятное свойство цветных лаков - пятна и стыки при неравномерном нанесении. Во избежание данной ситуации рекомендовал бы сошкурить и нанести новые слои по направлению волокон и строго по границе паркетин, т.е. не залезать на соседнюю, оставляя почву для полос. Понимаю, что трудно, но Вы сами выбрали этот путь. Если бы делали алкидно-масляными морилками, то было бы все красивей и легче. Тонированный лак сродни краске, чем больше слоёв, тем меньше видно дерева. Можно сделать 5-7 покрытий и получить полностью закрашенный пол, морилка же, наоборот, подчёркивает всю красоту (если это не третьесортная древесина) и проявляет рисунок, хотя некоторым это не нравится. Прошкуривая только места пятен, Вы сделаете только ещё хуже, снимайте всё.
Сколько слоёв сверху? Я бы рекомендовал два. Дело в том, что краситель, добавляемый в лак, снижает его прочность, вообще то, цветные лаки у уважающих себя производителей идут с аннотацией: "не применяется на полах". Это больше мебельный продукт.
По времени сушки. При работе с традиционными масляными полиуретанами рекомендуется 24 часа до лёгкого использования (без обуви), до нормального использования и установки мебели - 72 часа, также не рекомендуется укрывать коврами и дорожками 7 дней, т.к. в это время происходит полимеризация лака. У водных лаков это время сокращается вдвое, за исключением укрывания.