Gully, Подобная разница в высоте у меня присутствует в квартире, единственное неудобство, когда что-то сильно проливается и дотекает до коридора.
Предположение: возможно, когда делают гидроизоляцию пола санузла, на пол кладут не половые доски, а листы ОСБ (заказанная в "Зодчем" опция). Ведь пирог пола будет потом утолщен гидроизоляцией, стяжкой под теплый пол, плиткой.
Опровержение: на втором этаже у меня вместо вагонки все обито ОСБ, но пол стандартный 24мм.
Возможные варианты "экономии" высоты в санузле:
использовать доски меньшей толщины (например базовые 24мм вместо 32мм во всех других помещениях этажа);
опускание лаг пола (в них делается вырез, которым они ложатся на самую нижнюю пропитанную обвязку, проложенную между фундаментом и брусом), путем увеличения глубины этого выреза - возможно это недопустимое нарушение технологии или стандартов, не строитель я.