Данных недостаточно.
Чтобы что-то по делу посоветовать, надо хотя бы знать технологическую схему установки, диаметры корпусов фильтров, типы многоходовых клапанов, что загружено.
Пока первое предположение - забилось верхнее распредустройство обезжелезивателя (колпачок). Соответственно, установка нормально не моется, загрязнения накапливаются и растет потеря напора на фильтрах. Совершенно нормальное явление (3 года проработало, как-никак). Диагностируется просто, при наличии манометров до и после установки - давление на выходном манометре при начале разбора воды резко падает, после окончания растет очень медленно.
Самый простой путь - найти бумаги от установки, позвонить тем, кто ставил, и попросить выполнить плановое обслуживание.