Это плесень от влаги. Снаружи можно камнем обложить фундамент,фасад ли, высотой не менее метра. Но вряд ли вы это будете делать,да и не разрешать еще.
Внутри : Отскоблить все до бетона, потом отмыть жесткой щеткой и дать просохнуть с открытыми окнами. Я бы и чистовой пол временно снял.Потом пройти септиком два - три раза ( самый сильный и самый эффективный,но и самый дорогой - Метацит) Потом все полы и все стены нужно 2 - 3 раза пройтись гидроизоляцией, например Глимс Водостоп,или Церезитом 65 м. Стык пола и стен особенно тщательно проверить и обработать,вскрыть если нужно. И только потом что там у вас ? Шпаклевать или штукатурить. Стяжку, если требуется. Шпаклевать нужно Пуфасом с сеточкой. Надежней будет