Dron/9K, Мне не очень нравится вариант с акриловым герметиком. Он долго сохнет и все это время нужно прижимать оттопыренное место к полу. То есть расставлять грузики. Альтернатива - клеевой пистолет.
Я использую нивелир (под маяки) с долгим сроком схватывания. Это позволяет неторопливо "притопить" (или закрепить) всплывший участок. На быстрых смесях это превращается в дерготню, особенно если всплыло в неудобном месте (далеко и рукой не дотянуться).
Что касается критичности выпирающих участков, то вот мой недавний пример:

Разумеется, если доступ ограничить или сразу укладывать плитку риск повреждения небольшой. Но при укладке плитки гребенкой тоже можно повредить. Особо, если выпирающих мест много. Мне хватило одного. Ремонт не сложный (спасибо Ilun), но неприятный и последствия для долговременной, надежной работы мата - непредсказуемы.