Олик написал :
прокладки из тонкого войлока
Это что, новая технология? У меня 20 лет простоял по рубероиду, гвозди без прокладок (некоторые даже слегка повылезли) - никаких протечек. Правда, перед забиванием гвоздей засверливал сверлом чуть меньшего диаметра (многие бьют прямо в шифер). У Вас, скорее всего, проблема не в гвоздях (точнее, не только в них). Если гвозди забиты в гребень, то даже при большой дыре под шляпкой много воды не попадет. Возможный вариант - надуло снега под конек, он теперь тает и течет. Еще вариант - плохо выполнен нахлест рубероида. Еще - слишком редкая обрешетка - рубероид провис и образовались щели... Трещины и сколы на шифере - тоже возможная причина. Много чего...
Как лечить (далее - сугубо ИМХО :)). Дождаться теплых дней (уже немного осталось :)). Гвозди изнутри крыши выбить на 1-1,5 см. Под шляпки - резино-битумную мастику, или силиконовый герметик. Забить обратно. Лучше работать вдвоем - один изнутри, другой снаружи. Под конек снаружи набить (без фанатизма) минвату, но так, чтобы наружу не торчала (иначе птички повытаскают). Это на будущее.