По поводу запаха: обычно за него ответственны серобактерии. Живут он на избыточном железе, содержащемся в воде. Со временем, при достаточном водоразборе (или после зимы) бактериальный состав может измениться и запах может исчезнуть. А может и нет. У меня два колодца на соседних участках. В одном запах ушел после зимы, во втором - остался. Пришлось возиться, чтобы убрать его. Использовал я Белизну (хлорсодержащий препарат) - вот здесь в картинках моя возня с колодцем и второй способ - аэрация. Используется аэратор для прудов - немецкий. Он может работать постоянно. Я его еще не поставил -буду делать в этом году мини-очистное сооружение -рядом с колодцем еще подземная емкость на тонну воды - и в ней будет постоянно аэрация - уже от нее подача в дом.
По поводу углубления: возможный вариант - использовать зумпф из пластиковой трубы. В трубе сверлятся отверстия, Конец трубы закрывается несколькими слоями геотекстиля и труба зарывается в дно колодца. Запесочится она уже не сможет. Примерно вот так как сделал мой сосед: Но он сделал целый колодец из пластиковой трубы. Работает неплохо.
