Ещё надо учесть, что сосна ведь не просто так стоит, она ещё и вверх понемногу но растёт, да и в толщину! Я бы оставил в крыше большую дырку, на 30 см в каждую сторону от ствола, а к стволу бы выше дырки приколотил небольшую кровельку, на 10 см выше основной, чтобы отверстие закрывала и перекрывала на полметра в каждую сторону. В дырку только если ну ооочень косой дождь попадёт, а стыки между сосной и кровелькой можно сделать зазором в пару сантимов, потом запенить, замазать герметиком и поклеить какую-нибудь битумную ленту.