Резон написал :
Да, перпендикулярно, желательно сверху их, если высота позволит.
Да, но у стен нужно под лаги подкладывать какие-то опоры.
vmj написал :
Ставим их на ребро и поднимаем заподлицо с верхней кромкой "швеллеров", например подложив чего - нибуть .
Вот это "подложив" - самое мерзкое, что есть в полах на лагах.
Плохо с этими подкладками.
У меня есть другая, как мне кажется, компромиссная по затратам труда и надежности идея.
vmj, собираете этот черновой пол, как он был, максимально устойчивым и плоским (не забыв поменять плохие доски на новые).
Кладете не толстую (2-3 мм) полимерную прокладку на ч.пол. Сверху укладываете ГВЛВ в нахлест 2 слоя (они лучше, имхо, скроют неплоскостность ч.пола). А может и 3 слоя - хуже не будет.
Проверяется плоскостность и горизонтальность. Если не удовлетворяет требованиям чистового покрытия, заливаете все это самовыравнивающей смесью. Пол будет идеально ровным и горизонтальным (при качественной работе).