Причины - и поры и перегрунтованное основание (сленг - застеклили, от чрезмерного перфекционизма, хорошего грунта - достаточно одного прохода, тем более на бетоне) включая сами поры. В принципе зачищенный бетон достаточно обеспылить пылесосом и увлажнить, чтоб из шпатли вода моментально не уходила, но вода из шпатли постепенно могла все же чуть впитываться в бетон и не надувать пузыри вытесняя воздух, а наоборот их как бы всасыввть. Как вариант попробовать сразу по влажному грунту минимального слоя, или разбавленного.
Но сейчас поздно - уже все в шпатле - выход - втирать и лопать пузыри, как Федя написал. Или.... см ниже - работать спец шпатлей.