Иркут, я не мастер, я юзер). Обычно ц кухни бывает фартук из кафеля. В большинстве случаев он делается чуть выше и чуть ниже шкафов. Т е можно снивелировать кафелем. С кафелем или без, в боллшинстве случаев кухонные шкафы вешаются на планку. И потом на "крючки". Они подгоняются при необходимости. У нижнего шкафа есть столешница, на нее кладется плинтус с мягким примыканием. Он опять же нивелирует дырки. В случае дорогого гарнитура плинтус и столешница бавают из гранитной крошки - там уже желательно, чтобы стена была ровная, без дырок.
Если Вы уверены, что на выходе погрешность будет 1мм, то проблем (см варианты выше) быть не должно. Если 1 см - конечно, маяки лучше переставить.
Оговорюсь еще раз, я не мастер. Надеюсь, Вам ответит еще кто-то из мастеров.